Для того чтобы использовать свой сервер (дальше ядро) с модами.
Вам нужно сделать всего пару действий.
Вы установили в свое ядро моды которые хотите и проверили что они работают у себя на локальном компьютере или же скачали все библиотеки если вы используете MCPC+.
Перетащить ваше ядро (обязательно с названием craftbukkit.jar) в основную папку сервера.
В панели у вас есть поле
В которое надо вписать имя craftbukkit.jar или из выпадающего меню выбрать A_Default и сохранить настройки нажав на кнопку "Сохранить" внизу панели.
Делаете перезагрузку сервера и ваши моды уже работают.